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VCF比对工具的安装及使用

撸了今年阿里、腾讯和美团的面试,我有一个重要发现.......>>

过程参考https://vcftools.github.io/examples.html

  • 首先下载并编译安装vcftools
git clone https://github.com/vcftools/vcftools.git
cd vcftools
./autogen.sh
./configure
make
make install

遇到的问题包括: (1)./autogen.sh时报autoreconf: not found 安装apt-get install autoconf

  • 使用方法

 显示版本信息:

vcftools

比对两个vcf文件

vcftools --vcf input_data.vcf --diff other_data.vcf --out compare

 


 转载至链接:https://my.oschina.net/u/3732258/blog/1933150


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1条评论

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  • lpb944L

    lpb@lipingbo:~/gwas/vcftools$ ./autogen.sh ./autogen.sh: 3: ./autogen.sh: autoreconf: not found lpb@lipingbo:~/gwas/vcftools$ apt-get install autoconf E: Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (13: Permission denied) E: Unable to acquire the dpkg frontend lock (/var/lib/dpkg/lock-frontend), are you root? 楼主,上面是什么情况?



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